공단 설립 이전에는 공공하수처리시설, 분뇨시설 등 환경관련 시설들을 인천고아역시에서 직접 운영하거나 민간기업에 위탁하여 운영하였다.

하지만, 지구온난화나 환경오염과 같은 환경문제가 발생하고 국민들의 환경에 대한 관심이 높아지면서 환경관련 시설들을 책임지고 전문적으로 운영할 수 있는 전문기관의 필요성이 대두되었다.

이러한 이유로 우리 공단은 2006년 12월 26일 인천광역시환경시설공단 설치조례가 공포되었고, 2007년 1월 19일 인천광역시 환경시설공단의 설립등기에 따라 2007년 2월 12일 창립되었으며, 2008년 1월 1일 인천환경공단으로 사명(社名)을 변경하여 운영하고 있다.